Positionwise frequencies of all the amino acids

AA/Position	1	2	3	4	5	6
G	0.3789	0.3398	0.3359	0.3281	0.3047	0.3438
A	0.1914	0.2148	0.1719	0.1641	0.1641	0.1797
V	0.1641	0.1797	0.3086	0.1445	0.1289	0.1211
L	0.1445	0.1445	0.1367	0.1875	0.1016	0.1211
I	0.1250	0.1445	0.0859	0.3477	0.3477	0.1250
P	0.1016	0.0859	0.0898	0.0977	0.0781	0.1094
F	0.1133	0.1328	0.2070	0.1406	0.1875	0.1484
W	0.0312	0.0273	0.0625	0.0273	0.0352	0.0391
M	0.0703	0.0820	0.0586	0.0469	0.0273	0.0625
S	0.4766	0.2344	0.2305	0.2383	0.3516	0.2617
T	0.1445	0.4336	0.1445	0.2070	0.2305	0.1875
C	0.0039	0.0195	0.0156	0.0195	0.0156	0.0078
Y	0.1562	0.1836	0.1211	0.1758	0.1953	0.1211
Q	0.3008	0.3047	0.3203	0.2891	0.2734	0.3359
N	0.3906	0.3281	0.5938	0.4531	0.4023	0.4102
D	0.0859	0.0781	0.0820	0.0703	0.0898	0.0977
E	0.1328	0.1484	0.1250	0.1133	0.1211	0.3750
K	0.1602	0.1367	0.1328	0.1367	0.1406	0.1445
R	0.0703	0.0469	0.0547	0.0586	0.0547	0.0781
H	0.0547	0.0312	0.0195	0.0508	0.0469	0.0273

Average hydrophobicity = 23.11±10.34

Hydrophobicity values for 20 amino acids: A=13.26, C=26.84, D=8.15, E=11.12, F=90.17, G=3.80, H=4.14, I=69.53,

K=2.92, L=73.84, M=51.64, N=1.00, P=27.54, Q=6.00, R=10.24, S=3.53, T=11.64, V=44.60, W=100.00, Y=47.49

(Ref: Mant, CT et al. (2009). Biopolymers, 92, 6, 573-595.)

IITM	University of Madras