Positionwise frequencies of all the amino acids

AA/Position	1	2	3	4	5	6
G	0.1406	0.0352	0.0273	0.0273	0.0859	0.0273
A	0.0352	0.0508	0.0156	0.0664	0.0156	0.0586
V	0.0820	0.0781	0.3906	0.0195	0.0508	0.0859
L	0.0703	0.1016	0.0664	0.1328	0.0469	0.0664
I	0.0508	0.1445	0.0430	0.3477	0.4688	0.0312
P	0.0000	0.0039	0.0000	0.0000	0.0078	0.0000
F	0.0352	0.0586	0.2305	0.0703	0.1250	0.0781
W	0.0234	0.0000	0.0352	0.0430	0.0195	0.0078
M	0.0352	0.0156	0.0195	0.0000	0.0078	0.0430
S	0.2500	0.0508	0.0469	0.0352	0.0195	0.0977
T	0.0156	0.2812	0.0156	0.0586	0.0195	0.0977
C	0.0039	0.0156	0.0312	0.0234	0.0039	0.0195
Y	0.0469	0.0781	0.0117	0.0469	0.0820	0.0430
Q	0.0586	0.0664	0.0508	0.0117	0.0586	0.0938
N	0.0938	0.0625	0.0586	0.1641	0.0742	0.0742
D	0.0234	0.0156	0.0078	0.0000	0.0000	0.0352
E	0.0117	0.0312	0.0312	0.0391	0.0039	0.2266
K	0.0742	0.0000	0.0156	0.0117	0.0039	0.0156
R	0.0117	0.0000	0.0000	0.0078	0.0000	0.0078
H	0.0508	0.0234	0.0156	0.0078	0.0195	0.0039

Average hydrophobicity = 37.95±9.58

Hydrophobicity values for 20 amino acids: A=13.26, C=26.84, D=8.15, E=11.12, F=90.17, G=3.80, H=4.14, I=69.53,

K=2.92, L=73.84, M=51.64, N=1.00, P=27.54, Q=6.00, R=10.24, S=3.53, T=11.64, V=44.60, W=100.00, Y=47.49

(Ref: Mant, CT et al. (2009). Biopolymers, 92, 6, 573-595.)

IITM	University of Madras